Quando o tomador do CT-e estiver também em um outro papel do CTe, a rejeição 799 será retornada.
Verifique os campos Remetente, Destinatário e Consignatário / Pagador e verifique se o tomador está repetido em algum deles. Verifique também os papéis nos campos da seção Redespacho / Subcontratação.
Corrija as informações do CTe para não haver mais a repetição.